在口服液體藥用瓶的使用中，我們比較關心的是藥用瓶的衛生，尤其是瓶蓋。因為瓶蓋在我們喝水的時候往往會直接接觸到我們的嘴，如果瓶蓋上有不干凈的東西，就有可能在喝的過程中引入到人體中。因此，口服液體藥用瓶蓋的是生產過程中不可缺少的一步。
有以下幾種消毒瓶蓋的方法：
噴淋式：利用多組噴嘴向多個方向噴射水，對藥用瓶蓋表面進行。對噴灑時間有一定要求，以保證微生物能被完全殺死。具體地，加蓋的藥用瓶蓋以相同的方向進入瓶蓋軌道，軌道的上方和下方設置有多組噴嘴。每組噴嘴可以從不同的角度向藥用瓶蓋噴射水，噴射出的水不僅對瓶蓋進行，還可以推動瓶蓋沿著軌道向前運動。
浸泡：即將口服液體藥用瓶的瓶蓋浸泡在消毒水中，使整個瓶蓋都能被消毒水清洗干凈。浸泡時間還取決于消毒水的強度。一般強氧化性消毒水的浸泡時間在10～20秒以內，即可滿足瓶蓋完全消毒的時間要求。一種方法是將同方向的藥用瓶蓋固定在瓶蓋架上，瓶蓋架上連接有鏈條。鏈條的運動帶動瓶蓋架進入裝有消毒水的消毒池中，使瓶蓋完全浸入消毒水中。藥用瓶蓋浸泡時間可滿足10-20秒內瓶蓋完全的時間要求。與噴霧法一樣，浸泡過水的瓶蓋也需要用無菌水和無菌空氣進行噴洗，使液體瓶蓋干燥無菌。
